客户资金第三方存管制度是证券投资者保护体系和证券业风险防范体系的重要组成部分，该制度的引入，是为了从根本上保证客户交易结算资金的安全，从制度上防范证券公司挪用客户交易结算资金的现象发生，从而达到保护客户利益、控制行业风险、维护金融体系稳定的目的。实行客户资金第三方存管制度之后证券公司和存管银行之间形成合理的分工和制约，投资者证券交易账户在证券公司开立和管理，日常交易活动仍在所开户的证券公司营业部进行。但是客户交易结算资金管理账户须以投资者自己的名义在存管银行开立，由存管银行进行簿记管理，投资者资金转账和存取全部通过存管银行办理。这样，投资者证券资金台账的资金存取职能与证券公司股票等证券买卖业务严格分离，证券公司与存管银行在证券投资者服务上各司其职，相互监督。同时，证券公司在登记结算公司开立的结算备付金账户、在存管银行开立的客户交易结算资金汇总账户以及投资者以自己名义在存管银行开立的交易结算资金管理账户均由存管银行进行管理，存管银行后台系统在账实之间建立了严密的勾稽关系，证券公司与登记结算公司等交收主体的资金交收也由存管银行代为完成。这种彼此独立、相互制约式的资金与证券管理模式对有效防范挪用风险，切实保护投资者利益有其重要的现实意义。